Altura das cordas muda afinação?

Olá, resolvi aumentar a altura das cordas do meu baixo, só que na hora de afinar a coisa complicou, a corda Mi afina, e a oitava tb, mas quando aperto na 5ª (la) 3ª (sol) casa a nota fica um pouco acima da afinação. Já mexi de todo jeito, mas ou fica a oitava afinada ou a 3ª/5ª. Alguém sabe explicar?

A entonação muda sim, pois a corda deforma mais. Como na corda MI você raramente usa acima da casa 7, entone por aí e não pela casa 12.

Você pode compensar regulando as oitavas (pra isso que essa regulagem serve), mas se você mantiver as cordas altas, sempre vai ter um errinho de entonação.